个人感觉采用乙二醇缩醛保护羰基再水解去保护是一个比较好的方法。

先将戊二醛一端生成缩醛，另一端跟A交联后去保护，再跟B交联。

LZ考虑到一个问题说怕去保护过程中会破坏酯键，但我认为被破坏的几率较小。

生成缩醛后反应的活性中心应是缩醛，而不应该在酯羰基处，此时酯羰基活性应该比较低。

因此在适当控制反应条件下应该能顺利完成偶联而不会有过多的副反应。

应当可采用乙二醇缩醛法保护醛羰基。